جنس غشای مورد استفاده در بیوراکتور غشایی MBR به گونه ای است که به آب و مواد محلول در آب اجازه عبور می دهد در حالی که مانع عبور مواد جامد می شود. این ویژگی نفوذپذیری انتخابی (perm-selectivity) غشا، وابسته به سایز منافذ غشا است. در مورد غشاهای MBR ، دامنه تغییر اندازه منافذ نسبتاً ناچیز است و از محدوده میکروفیلتراسیون (MF) 0.1 − 0.4 میکرومتر تا محدوده اولترافیلتراسیون (UF) 0.04 – 0.1 متغیر می باشد. جنس غشایی عمدتاً دو نوع متفاوت دارند: پلیمر و سرامیک. مواد پلیمری و سرامیکی مختلف برای ساختن غشاها استفاده می شود. غشاها عموماً از یک لایه سطحی نازک که انتخاب پذیری غشا را فراهم میکند بر روی لایه متخلخل و ضخیم تری به عنوان پایه،که پایداری مکانیکی غشا را فراهم می کند، تشکیل می شوند.